МОДЕЛИРОВАНИЕ ОБРАЗОВАНИЯ α-СПИРАЛЕЙ И β-ШПИЛЕК В ВОДОРАСТВОРИМЫХ БЕЛКАХ МЕТОДОМ КОДОВОЙ ФИЗИКИ
Б. В. Шестопалов
Институт цитологии РАН, Санкт-Петербург;
электронный адрес: shest@mail.cytspb.rssi.ru
Один из возможных подходов для полного и окончательного решения проблемы определения трехмерной структуры белка
по аминокислотной последовательности - моделирование образования трехмерной структуры белка. Для выполнения этой
задачи автор предполагает использовать развиваемый им методом кодовой физики. В статье описано начало выполнения
этого плана - моделирование образования α-спиралей и β-шпилек в водорастворимых белках. Результаты
моделирования сопоставлены с данными эксперимента для 14 белков с числом аминокислот не более 50 и поэтому небольшим
числом α-спиралей и β-нитей (чтобы учесть ограничения моделирования) и предсказаниями вторичной структуры по
лучшим на сегодня методам предсказания вторичной структуры белка - PSIpred, PORTER и PROFsec. Вторичная структура
белков, полученная после моделирования образования α-спиралей и β-шпилек методом кодовой физики, полностью
согласуется с экспериментом, в то время как вторичная структура, предсказанная методами PSIpred, PORTER и PROFsec,
содержит существенные отличия от данных эксперимента.
Ключевые слова: физика, кодирование, моделирование, трехмерная структура белка,
α-спираль, β-структура
Back
Contents
Main
