АМИНОКИСЛОТНЫЙ КОД ВТОРИЧНОЙ СТРУКТУРЫ БЕЛКА
Б. В. Шестопалов
Институт цитологии РАН, Санкт-Петербург;
электронный адрес: shest@mail.cytspb.rssi.ru
Представлены принципы кодовой теории вторичной структуры белка и их следствие, аминокислотный код вторичной
структуры белка как вклад в решение фундаментальной научной проблемы определения пространственной структуры белка
по его аминокислотной последовательности. Согласно теории, аминокислотный код вторичной структуры белка состоит из
400 альфа-спиральных, 400 бета-структурных и 400 клубковых кодонов 21 типа. В аминокислотной последовательности
белка им соответствуют пары (i, i + 4) для α-спирали, (i, i + 2) для ρ-структуры и
(i, i + 1) для клубка. Кодоны в аминокислотной последовательности перекрываются; перекрывание кодонов
различных конформаций запрещено, в связи с чем производится отбор кодонов по специальной многоуровневой процедуре.
Отобранные кодоны используются для определения вторичной структуры. Теория допускает построение шести моделей, одна
из которых соответствует модели дублетного кода, представленной ранее. Возможны два способа построения моделей: по
физическим свойствам аминокислотных остатков и по результатам статистического анализа большого массива данных о
структуре белка. Предполагается, что теория может быть использована для определения вторичной структуры белка на
стадии до его сворачивания в нативную структуру и последующего моделирования процесса сворачивания белка. Основные
элементы теории - кодоны - предлагается рассматривать как начальные элементы языка трехмерной структуры белка.
Ключевые слова: сворачивание белка, вторичная структура белка, кодирование структуры белка
Back
Contents
Main
